MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Yersinia pseudotuberculosis IP 31758 plasmid_59kb

Total Repeats: 198

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_009704	CGA	2	6	57	62	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_009704	ATAA	2	8	75	82	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_009704	TATT	2	8	95	102	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_009704	AGG	2	6	120	125	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_009704	TTA	2	6	160	165	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_009704	GGAG	2	8	208	215	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
7	NC_009704	CCT	2	6	255	260	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
8	NC_009704	TA	3	6	303	308	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_009704	CAAC	2	8	388	395	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
10	NC_009704	CAG	2	6	459	464	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_009704	GTT	2	6	1584	1589	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_009704	G	6	6	1680	1685	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
13	NC_009704	TGA	2	6	1704	1709	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_009704	AAC	2	6	1795	1800	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_009704	TCC	2	6	2423	2428	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_009704	ACT	2	6	2458	2463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_009704	ATA	2	6	2581	2586	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_009704	AAT	2	6	2625	2630	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_009704	A	6	6	2647	2652	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_009704	TTGC	2	8	2853	2860	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_009704	CGGC	2	8	2894	2901	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
22	NC_009704	CAG	2	6	2927	2932	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_009704	ACGAA	2	10	2957	2966	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_009704	ATG	2	6	3006	3011	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
25	NC_009704	CCG	2	6	3028	3033	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
26	NC_009704	CCG	2	6	3097	3102	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
27	NC_009704	TCTATA	2	12	3150	3161	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_009704	CTT	2	6	3199	3204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_009704	T	7	7	3272	3278	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_009704	GTT	2	6	3301	3306	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
31	NC_009704	TA	3	6	3339	3344	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_009704	CACTCT	2	12	3698	3709	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_009704	TGTT	2	8	3718	3725	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_009704	GCT	2	6	3786	3791	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_009704	A	6	6	3879	3884	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_009704	CAA	2	6	4868	4873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_009704	CT	4	8	4961	4968	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
38	NC_009704	CAG	3	9	4976	4984	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_009704	GCCA	2	8	4998	5005	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
40	NC_009704	ATT	2	6	5041	5046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_009704	TTC	2	6	5050	5055	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_009704	GTTAA	2	10	5175	5184	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_009704	GCT	2	6	5304	5309	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_009704	T	6	6	5330	5335	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_009704	TGTAT	2	10	5374	5383	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_009704	T	6	6	5511	5516	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_009704	GAA	2	6	5547	5552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_009704	ATGAAA	2	12	14626	14637	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_009704	A	6	6	14635	14640	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_009704	T	7	7	14645	14651	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_009704	AAC	2	6	14756	14761	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_009704	ACA	2	6	16219	16224	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_009704	CAG	2	6	16232	16237	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_009704	AAT	2	6	16241	16246	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_009704	ATAG	2	8	16965	16972	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
56	NC_009704	GGT	2	6	25998	26003	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_009704	TA	3	6	27298	27303	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_009704	ATT	2	6	27400	27405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_009704	AAT	2	6	27474	27479	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_009704	ATAA	2	8	29497	29504	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_009704	TTA	2	6	30004	30009	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_009704	AAC	2	6	30014	30019	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_009704	TCA	2	6	30340	30345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_009704	A	7	7	30345	30351	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_009704	ACA	2	6	30377	30382	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_009704	CA	3	6	30381	30386	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
67	NC_009704	AAC	2	6	30402	30407	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_009704	TAAT	2	8	30419	30426	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_009704	AT	3	6	30452	30457	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_009704	TGA	2	6	30462	30467	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_009704	CTT	2	6	30719	30724	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_009704	TCT	2	6	30757	30762	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_009704	GCG	2	6	31221	31226	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_009704	GAA	2	6	31296	31301	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_009704	ATT	2	6	31436	31441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_009704	CAA	2	6	31463	31468	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_009704	CTT	2	6	31469	31474	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_009704	CTAT	2	8	31477	31484	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
79	NC_009704	CA	3	6	31503	31508	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
80	NC_009704	TC	3	6	31519	31524	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
81	NC_009704	TCT	2	6	31562	31567	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_009704	T	7	7	31567	31573	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_009704	AT	3	6	31595	31600	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_009704	CAT	2	6	31615	31620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_009704	AATA	2	8	31732	31739	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_009704	TAA	2	6	31744	31749	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_009704	T	9	9	31782	31790	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_009704	T	7	7	31814	31820	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_009704	TTA	2	6	31847	31852	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_009704	TTTATC	2	12	31863	31874	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_009704	ATTT	2	8	31881	31888	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_009704	T	7	7	31886	31892	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_009704	A	6	6	31928	31933	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_009704	CAA	2	6	31955	31960	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_009704	A	6	6	31970	31975	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_009704	GCC	2	6	32108	32113	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
97	NC_009704	CGG	2	6	32117	32122	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_009704	CTC	2	6	32989	32994	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_009704	TGA	3	9	33075	33083	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_009704	ATG	2	6	33124	33129	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
101	NC_009704	CCCTGA	2	12	33162	33173	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
102	NC_009704	TGC	2	6	33210	33215	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
103	NC_009704	ATTT	2	8	33332	33339	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_009704	T	6	6	33337	33342	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_009704	CAA	2	6	33353	33358	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_009704	AGT	2	6	33371	33376	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_009704	A	7	7	33952	33958	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_009704	GCC	2	6	33994	33999	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_009704	CTGCT	2	10	34005	34014	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_009704	AGA	2	6	34129	34134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
111	NC_009704	AGAA	2	8	34208	34215	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
112	NC_009704	TTA	2	6	34248	34253	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_009704	CAGC	2	8	34338	34345	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
114	NC_009704	T	6	6	34739	34744	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_009704	ATT	2	6	34814	34819	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_009704	AGC	2	6	34984	34989	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_009704	CGC	2	6	35000	35005	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_009704	GAC	2	6	35364	35369	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_009704	TC	3	6	35916	35921	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
120	NC_009704	GGC	2	6	35980	35985	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_009704	AAAG	2	8	35996	36003	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_009704	TTA	2	6	36008	36013	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_009704	T	7	7	36692	36698	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_009704	AG	3	6	36729	36734	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
125	NC_009704	GGC	2	6	38277	38282	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_009704	GT	3	6	38294	38299	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_009704	AGAC	2	8	38417	38424	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
128	NC_009704	T	6	6	38466	38471	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_009704	C	6	6	38483	38488	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding
130	NC_009704	TATT	2	8	38527	38534	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_009704	A	6	6	39390	39395	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_009704	CGAC	2	8	39423	39430	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
133	NC_009704	TCT	2	6	39467	39472	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_009704	A	8	8	50046	50053	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_009704	AG	3	6	50589	50594	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_009704	ACC	2	6	50647	50652	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
137	NC_009704	TTAT	2	8	50680	50687	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_009704	ATCA	2	8	52317	52324	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
139	NC_009704	CA	3	6	52377	52382	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_009704	GTA	2	6	52394	52399	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_009704	GCG	2	6	52403	52408	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_009704	GCA	2	6	52422	52427	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_009704	AGA	2	6	52470	52475	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
144	NC_009704	GAT	2	6	52477	52482	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
145	NC_009704	CTT	2	6	52513	52518	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_009704	T	7	7	52545	52551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_009704	TC	3	6	52582	52587	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_009704	TCTT	2	8	52631	52638	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
149	NC_009704	TTC	2	6	52647	52652	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
150	NC_009704	CTTT	2	8	52678	52685	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
151	NC_009704	CCGT	2	8	52707	52714	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
152	NC_009704	T	6	6	52767	52772	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_009704	TTG	2	6	52812	52817	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
154	NC_009704	TTG	2	6	52830	52835	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
155	NC_009704	TA	3	6	52893	52898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
156	NC_009704	GTACT	2	10	52917	52926	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
157	NC_009704	GAT	2	6	52936	52941	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
158	NC_009704	TTG	2	6	52953	52958	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
159	NC_009704	ATT	2	6	52969	52974	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_009704	CTT	2	6	52979	52984	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
161	NC_009704	CAT	2	6	52994	52999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
162	NC_009704	CTT	2	6	53012	53017	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_009704	TCA	2	6	53059	53064	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_009704	T	6	6	53183	53188	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_009704	TAT	2	6	53225	53230	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
166	NC_009704	TCTTTA	2	12	53269	53280	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
167	NC_009704	TGT	2	6	53336	53341	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
168	NC_009704	CTG	2	6	53396	53401	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_009704	AAG	2	6	53439	53444	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
170	NC_009704	CTC	2	6	53466	53471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
171	NC_009704	T	6	6	53485	53490	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_009704	AGC	2	6	53515	53520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_009704	T	7	7	53561	53567	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_009704	ATT	2	6	53630	53635	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_009704	TAT	2	6	53662	53667	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
176	NC_009704	GAC	2	6	53726	53731	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
177	NC_009704	AGG	2	6	54027	54032	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
178	NC_009704	CCCT	2	8	54042	54049	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
179	NC_009704	ACT	2	6	54091	54096	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
180	NC_009704	CTAA	2	8	54254	54261	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
181	NC_009704	AGC	2	6	55026	55031	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
182	NC_009704	CAC	2	6	55034	55039	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
183	NC_009704	AAG	2	6	55042	55047	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
184	NC_009704	A	8	8	55052	55059	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_009704	A	9	9	57793	57801	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
186	NC_009704	CCG	2	6	57803	57808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
187	NC_009704	CAA	2	6	58285	58290	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
188	NC_009704	T	6	6	58318	58323	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
189	NC_009704	TCTA	2	8	58348	58355	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
190	NC_009704	A	6	6	58377	58382	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
191	NC_009704	A	6	6	58409	58414	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
192	NC_009704	T	6	6	58419	58424	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
193	NC_009704	ATG	2	6	58443	58448	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
194	NC_009704	A	7	7	58468	58474	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_009704	ATTA	2	8	58480	58487	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_009704	T	6	6	58546	58551	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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198	NC_009704	C	6	6	58647	58652	0 %	0 %	0 %	100 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.